Adolf Johann II. trat das Erbe der Linie Pfalz-Zweibrücken-Kleeburg unter dem Schatten politischer Umbrüche an. Als Pfalzgraf und Herzog stand er in einer direkten dynastischen Verbindung zum schwedischen Königshaus, da er ein Cousin ersten Grades des Königs Karl XI. war. Diese Nähe zur Krone definierte seinen Status innerhalb des europäischen Hochadels, brachte jedoch auch die Verpflichtungen eines Reichsfürsten mit sich.

Nach dem Tod seines Vaters übernahm er die Herrschaft über das Fürstentum Kleeburg, das zu dieser Zeit eng mit den Geschicken der schwedischen Großmacht verknüpft war. Sein Wirken blieb jedoch weitgehend auf die Verwaltung seiner pfalz-zweibrückischen Stammlande und die Wahrung seiner dynastischen Ansprüche beschränkt. Da er unverheiratet blieb und keine Nachkommen hinterließ, endete mit seinem frühen Ableben die Eigenständigkeit der Linie Kleeburg. Sein Erbe und die damit verbundenen Territorien fielen an seinen Cousin, den schwedischen König, wodurch die Besitzungen der Pfalz-Zweibrücker Linien in einer Hand konsolidiert wurden.

Sein Lebensweg verdeutlicht das Schicksal kleinerer dynastischer Zweige, deren Bedeutung oft untrennbar mit dem Aufstieg und Fall ihrer mächtigeren königlichen Verwandten verbunden war.