Herzog Johann Wilhelm von Sachsen-Weimar war eine zentrale Gestalt der ernestinischen Linie des Hauses Wettin in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts. Als Sohn des Kurfürsten Johann Friedrich des Großmütigen und der Sibylle von Jülich-Kleve-Berg wuchs er in einer Ära auf, die durch den Verlust der sächsischen Kurwürde und die damit einhergehenden territorialen Neuordnungen nach der Schlacht bei Mühlberg geprägt war.

Seine Regierungszeit war gezeichnet von den tiefgreifenden theologischen und politischen Verwerfungen innerhalb des Protestantismus. Als strenger Anhänger des Gnesiolutheranismus stand er in scharfem Gegensatz zu den Philippisten in Kursachsen. Diese konfessionelle Unbeugsamkeit führte zur Einleitung der „Ernestinischen Konfession“ und zeitweise zu seiner politischen Isolierung im Reich. Um das Ansehen seines Hauses zu wahren und militärische Erfahrung zu sammeln, trat er zeitweise in den Dienst des französischen Königs und beteiligte sich später an den Kriegen gegen das Osmanische Reich in Ungarn.

Durch seine Vermählung mit Dorothea Susanne von Pfalz-Simmern festigte er die Verbindung zu einem weiteren einflussreichen protestantischen Haus. Das Paar hatte zahlreiche Nachkommen, darunter seinen Nachfolger Friedrich Wilhelm I. Trotz der innerprotestantischen Zwistigkeiten war er ein bedeutender Förderer der Wissenschaft; insbesondere die Universität Jena profitierte in ihrer frühen Entwicklungsphase von seinem Engagement. Sein Bestreben, das Erbe seines Vaters zu bewahren und die Souveränität Weimars zu sichern, prägte die thüringische Landesgeschichte nachhaltig. Er verstarb in Weimar und hinterließ ein Herzogtum, das trotz territorialer Verkleinerungen als Zentrum lutherischer Gelehrsamkeit gefestigt war.