Herzog Johann Wilhelm von Sachsen-Weimar war eine zentrale Gestalt der ernestinischen Linie des Hauses Wettin in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts. Als zweiter Sohn des Kurfürsten Johann Friedrich des Großmütigen und der Sibylle von Jülich-Kleve-Berg wuchs er in einer Ära auf, die durch den Verlust der sächsischen Kurwürde und die damit einhergehenden territorialen Neuordnungen geprägt war.

Seine Regierungszeit in Sachsen-Weimar war gezeichnet von den tiefgreifenden theologischen und politischen Verwerfungen innerhalb des Protestantismus. Als strenger Anhänger des Gnesiolutheranismus stand er in Opposition zu den sogenannten Philippisten und geriet dadurch in Konflikt mit der kursächsischen Linie seiner Verwandten. Diese konfessionelle Unbeugsamkeit führte zeitweise zu seiner politischen Isolierung und zu massiven Spannungen mit dem Kaiserhaus, denen er durch diplomatische Bemühungen und militärische Dienste, unter anderem im Kampf gegen das Osmanische Reich in Ungarn, entgegenzuwirken suchte.

Durch seine Vermählung mit Dorothea Susanne von Pfalz-Simmern festigte er die Verbindung zu einem weiteren einflussreichen protestantischen Haus. Das Paar hatte zahlreiche Nachkommen, darunter seinen Nachfolger Friedrich Wilhelm I. Johann Wilhelm war zudem ein bedeutender Förderer der Wissenschaft und Kultur; so verdankt ihm die Universität Jena wesentliche Impulse in ihrer Gründungsphase. Sein Bestreben, das Erbe seines Vaters zu bewahren und die Souveränität Weimars zu sichern, prägte die thüringische Landesgeschichte nachhaltig. Er verstarb in Weimar und hinterließ ein Herzogtum, das trotz innerprotestantischer Zwistigkeiten als Zentrum lutherischer Gelehrsamkeit gefestigt war.