Johann Friedrich II. verkörperte als Haupt der ernestinischen Linie des Hauses Wettin den gescheiterten Versuch, die nach der Niederlage im Schmalkaldischen Krieg verlorene Kurwürde für seinen Familienzweig zurückzugewinnen. Seine Herrschaft war maßgeblich von dem Bestreben geprägt, die territoriale und politische Vormachtstellung innerhalb Sachsens zu restaurieren.

Diese Ambitionen führten zur Verwicklung in die sogenannten Grumbachschen Händel. Durch den Schutz des geächteten Ritters Wilhelm von Grumbach und die Beteiligung an dessen politisch-messianischen Umsturzplänen geriet der Herzog in offenen Konflikt mit dem Kaiser und dem Reich. Die daraus resultierende Reichsexekution gipfelte in der Belagerung seiner Residenz Gotha.

Nach seiner Gefangennahme verbrachte Johann Friedrich II. den Rest seines Lebens in kaiserlicher Haft in Österreich. Sein politischer Sturz hatte weitreichende Folgen für die sächsische Landesgeschichte: Er führte zur dauerhaften Schwächung der Ernestiner gegenüber der albertinischen Linie und leitete weitere territoriale Teilungen innerhalb der thüringischen Gebiete ein. Trotz der persönlichen Katastrophe sicherten seine Nachkommen den Fortbestand der ernestinischen Teilfürstentümer.