Johann Casimir festigte die administrative und kulturelle Eigenständigkeit des Fürstentums Sachsen-Coburg durch eine weitreichende Modernisierung der Landesverwaltung und des Bildungswesens. Seine Herrschaft war geprägt von einer rigorosen konfessionellen Festigung des luthertypischen Protestantismus und einer regen Bautätigkeit, die in der Erweiterung der Veste Coburg sowie dem Bau von Schloss Ehrenburg ihren architektonischen Ausdruck fand. In der Justizgeschichte hinterließ er durch eine verschärfte Hexenverfolgung und den spektakulären Ehebruchsprozess gegen seine erste Gemahlin Anna von Sachsen tiefe Spuren. Da seine Bestrebungen zur Sicherung einer direkten Nachfolge scheiterten, fiel sein Territorium nach seinem Ableben an die verwandte Eisenacher Linie zurück.