Johann Ernst von Sachsen-Eisenach markiert eine wesentliche Phase in der territorialen Entwicklung der ernestinischen Linien des Hauses Wettin. Nach einer Phase der gemeinschaftlichen Regierung mit seinem Bruder Johann Casimir von Sachsen-Coburg übernahm er im Zuge einer Landesteilung die eigenständige Herrschaft über das Fürstentum Sachsen-Eisenach. Sein Wirken war maßgeblich durch die Herausforderungen des Dreißigjährigen Krieges und die Bemühungen um eine administrative Konsolidierung seiner Gebiete geprägt.

Trotz seiner Bemühungen um die dynastische Kontinuität blieb seine Ehe mit Christine von Hessen-Kassel kinderlos, ebenso wie seine erste Verbindung mit Elisabeth von Mansfeld-Hinterort. Mit seinem Ableben erlosch die ältere Linie Sachsen-Eisenach im Mannesstamm. Da sein Bruder Johann Casimir bereits zuvor ohne Erben verstorben war, kam es zu einer bedeutenden territorialen Neugliederung, in deren Folge die Coburger und Eisenacher Länder an die Linie Sachsen-Weimar fielen. Sein politisches Vermächtnis liegt vor allem in der Bewahrung der territorialen Integrität unter den erschwerten Bedingungen kriegerischer Verwüstungen.