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Auf dem Friedhof wurden 1705/06 in mehreren Massengräbern 682 Leichen von Opfern der Sendlinger Mordweihnacht begraben
Mit zunehmender Überfüllung der Friedhöfe der Kreuzkirche, der Salvatorkirche und des Franziskanerklosters wird ein Großteil der Bestattungen auf den Südlichen Friedhof verlagert.
Karl Theodor II. erlässt zwei kurfürstliche Reskripte, die Bestattungen innerhalb (intra muros) der Stadtmauern fortan untersagen.
Notwendige Baumaßnahmen ermöglichen die Freigabe des Friedhofs jedoch erst am 26. Juni 1789. Bestehende Grüften und Friedhöfe innerhalb der Stadtmauern werden aufgehoben und die sterblichen Überreste in Massengräbern auf dem neuen Zentralfriedhof beigesetzt.