Johann Friedrich von Pfalz-Hilpoltstein markiert als Begründer einer kurzlebigen Nebenlinie des Hauses Pfalz-Neuburg einen interessanten Aspekt der bayerisch-pfälzischen Territorialgeschichte. Als jüngster Sohn des Pfalzgrafen Philipp Ludwig von Neuburg und der Anna von Jülich-Kleve-Berg erhielt er bei der brüderlichen Erbteilung das Deputat Hilpoltstein, das er zu einer eigenständigen Residenz ausbaute.

Sein Wirken war von den Bemühungen geprägt, inmitten der konfessionellen Spannungen des beginnenden 17. Jahrhunderts ein stabiles kleines Herrschaftsgebiet zu etablieren. Während sein älterer Bruder Wolfgang Wilhelm zum Katholizismus konvertierte, um die Ansprüche am Niederrhein zu sichern, blieb Johann Friedrich zeitlebens dem lutherischen Bekenntnis treu. Diese konfessionelle Standhaftigkeit prägte die religiöse Landschaft seines kleinen Fürstentums nachhaltig und machte Hilpoltstein zu einem Rückzugsort für den Protestantismus innerhalb der neuburgischen Lande.

Trotz seiner Bemühungen um eine dynastische Kontinuität blieb ihm ein dauerhafter Stammvater-Status verwehrt. Da alle seine Kinder bereits im Kindesalter verstarben, erlosch die Linie Pfalz-Hilpoltstein bereits mit seinem eigenen Tod, und das Territorium fiel an die Hauptlinie zurück. Dennoch hinterließ er durch den Ausbau der Burg Hilpoltstein zum Residenzschloss architektonische Spuren, die bis heute das Stadtbild prägen.

Seine Biografie verdeutlicht das Schicksal nachgeborener Söhne im Barockzeitalter, deren Lebensentwürfe oft zwischen loyaler Unterordnung unter das Familienoberhaupt und dem Streben nach eigener fürstlicher Repräsentation schwankten.