Pfalzgraf Johann Karl von Pfalz-Gelnhausen war der Begründer jener Wittelsbacher Seitenlinie, die heute vor allem durch ihre berühmteste Nachfahrin, Kaiserin Elisabeth von Österreich, bekannt ist. Als jüngerer Sohn von Christian I. von Pfalz-Birkenfeld-Bischweiler schlug er zunächst eine klassische militärische Laufbahn ein. Er diente in der pfälzischen Armee und später unter dem schwedischen König, wobei er sich in zahlreichen Schlachten als fähiger Kommandeur bewies.

Sein Privatleben sorgte jedoch für erheblichen Zündstoff innerhalb des bayerischen Herrscherhauses. Nach dem Tod seiner ersten Frau heiratete er Esther Maria von Witzleben, eine Adlige aus einem thüringischen Rittergeschlecht. Da sie nicht dem hohen Fürstenstand angehörte, stuften seine Verwandten diese Verbindung als unstandesgemäß (morganatisch) ein. Dies löste einen Jahrzehnte dauernden Rechtsstreit aus, da Johann Karl leidenschaftlich darum kämpfte, dass seine Kinder als ebenbürtige Prinzen und Prinzessinnen anerkannt wurden.

Obwohl er die endgültige Anerkennung seiner Linie nicht mehr persönlich miterlebte, legte er durch seine Standhaftigkeit das Fundament für den Aufstieg des Hauses Pfalz-Gelnhausen. Seine Nachkommen erhielten schließlich den Titel „Herzog in Bayern“. Im Stammbaum der Webseite „stadtgeschichte-muenchen.de“ markiert Johann Karl den entscheidenden Punkt, an dem sich die bayerische Geschichte in einen königlichen und einen herzoglichen Zweig aufteilte. Er war ein Mann, der persönliche Zuneigung über dynastische Konventionen stellte und damit ungewollt die Basis für eine der populärsten Linien der Wittelsbacher schuf.