Herzog Franz Joseph in Bayern, ein Mitglied der herzoglichen Nebenlinie des Hauses Wittelsbach, verfolgte eine für seine Zeit und seinen Stand klassische, jedoch durch persönliche Interessen akzentuierte Laufbahn. Als Sohn von Herzog Karl Theodor, dem bedeutenden Augenarzt, und dessen zweiter Gemahlin, der Infantin Maria Josepha von Portugal, wuchs er in einem Umfeld auf, das wissenschaftliche Bildung und soziale Verantwortung hoch schätzte.

Sein Lebensweg war primär durch eine militärische Karriere in der Bayerischen Armee geprägt. Er diente als Offizier im prestigeträchtigen 1. Schweren-Reiter-Regiment „Prinz Karl von Bayern“, in dem er den Rang eines Rittmeisters erreichte. Neben seinen militärischen Verpflichtungen widmete sich Franz Joseph intensiv den Naturwissenschaften. Er galt als profunder Kenner der Ornithologie und baute eine bedeutende wissenschaftliche Sammlung auf, was sein Bestreben unterstreicht, über die rein repräsentativen Pflichten des Hochadels hinaus fachliche Expertise zu erwerben.

Trotz seiner Einbindung in das weitreichende europäische Verwandtschaftsnetz – er war ein Neffe der Kaiserin Elisabeth von Österreich und ein Bruder der belgischen Königin Elisabeth – blieb sein Leben vergleichsweise frei von politischen Ambitionen. Franz Joseph blieb unverheiratet und kinderlos, wodurch er keine eigene dynastische Linie begründete. Sein früher Tod im Alter von 24 Jahren, verursacht durch eine Infektionskrankheit (Polio), setzte seinen vielversprechenden naturwissenschaftlichen Bestrebungen ein jähes Ende. In der Familiengeschichte der Wittelsbacher bleibt er als ein intellektuell vielseitig interessierter Prinz in Erinnerung, der die Tradition der wissenschaftlichen Neugier seines Vaters auf eigenständige Weise fortführte.