Agnes Gertrud von Habsburg entstammte dem Geschlecht der Habsburger, das im 13. Jahrhundert vom regional bedeutenden Adelsgeschlecht zu einer der führenden Dynastien des Heiligen Römischen Reiches aufstieg. Sie war eine Tochter des römisch-deutschen Königs Rudolf I. und wuchs in einer Zeit auf, in der ihre Familie durch geschickte Heiratspolitik und politische Bündnisse ihre Stellung im Reich festigte. 

Ihre Eheschließung mit dem askanischen Fürsten Albrecht II. stellte einen Teil dieser dynastischen Strategie dar. Die Verbindung stärkte die Beziehungen zwischen dem Haus Habsburg und den sächsischen Fürsten und band das habsburgische Herrscherhaus enger an die politischen Strukturen Norddeutschlands. Als Gemahlin Albrechts nahm Agnes innerhalb des sächsischen Herzogtums eine repräsentative Stellung ein und wurde nach der Teilung des Landes zur Herzogin von Sachsen-Wittenberg. 

Die Ehe verband zwei bedeutende Fürstenhäuser des Reiches und führte zu mehreren Nachkommen, von denen einzelne kirchliche oder weltliche Ämter übernahmen. Dadurch wurde das Netzwerk dynastischer Beziehungen weiter ausgebaut und der Einfluss der beteiligten Familien in verschiedenen Regionen des Reiches gefestigt. 

Agnes Gertrud von Habsburg gehört damit zu jener Generation habsburgischer Prinzessinnen, deren Heiraten wesentlich zur politischen Integration der Dynastie im Reich beitrugen. Ihre Lebensbahn verdeutlicht zugleich die zentrale Rolle hochadeliger Frauen in der mittelalterlichen Heiratspolitik, durch die Bündnisse gesichert, territoriale Interessen abgestimmt und langfristige dynastische Verbindungen geschaffen wurden.