Wilhelm III. war ein wittelsbachischer Herzog, der über viele Jahre das Herzogtum Bayern-München gemeinsam mit seinem älteren Bruder Ernst führte. In einer Zeit, in der das Haus Wittelsbach durch familiäre Teilungen und dynastische Konflikte geprägt war, zeichnete sich Wilhelm durch ungewöhnlich enge Zusammenarbeit und Eintracht mit seinem Bruder aus – ein Faktor, der dem Münchner Teilherzogtum innere Stabilität verlieh. 

In seiner Regierungszeit war Wilhelm in vielfältige politische und militärische Auseinandersetzungen eingebunden. Zu Beginn kämpfte er an der Seite seines Vaters und später gemeinsam mit Ernst gegen rivalisierende herzogliche Linien innerhalb Bayerns. Diese Konflikte setzten sich in verschiedenen Fehden fort, darunter Kämpfe gegen Verwandte aus Ingolstadt und Streitigkeiten um territoriale Ansprüche nach dem Erlöschen der straubingschen Linie. 

Als Statthalter des römisch-deutschen Königs Sigismund nahm Wilhelm eine bedeutende Rolle beim Basler Konzil ein, wo er versuchte, Frieden zu sichern und zwischen den reichspolitischen Kräften zu vermitteln. Seine diplomatischen Fähigkeiten fanden in Verhandlungen mit den Hussitenbewegungen Beachtung und trugen dazu bei, Konflikte zumindest zu entschärfen. 
Wilhelm verband sein Leben durch Heirat mit Margarete von Kleve, was politische und familiäre Bindungen im wittelsbachischen Umfeld weiter stärkte. Aus dieser Ehe gingen zwei Söhne hervor, von denen einer kurzzeitig als Mitregent vorgesehen war. Trotz dieser dynastischen Verbindung blieben dauerhafte Nachfolgerprobleme innerhalb der Münchner Linie bestehen. 

Auch in der materiellen Substanz seines Herzogtums hinterließ Wilhelm Spuren: So sind Teile der Residenzen und Herrschaftsgebäude – etwa in Planegg und Nannhofen – auf seine Initiative oder Zeit zurückzuführen.