Stephan I. war ein Vertreter der Wittelsbacher in Niederbayern, der in einer Zeit politischer Umbrüche und dynastischer Verantwortung eine besondere Rolle spielte. Er entstammte dem Hause Wittelsbach als Sohn von Herzog Heinrich XIII. von Niederbayern und seiner Gemahlin Elisabeth von Ungarn, durch deren Herkunft der Name Stephan erstmals in die bayerische Herrscherfamilie eingeführt wurde. Ursprünglich war für ihn sogar eine geistliche Laufbahn vorgesehen: Das Domkapitel von Salzburg wählte ihn zum Erzbischof, doch die päpstliche Kurie lehnte diese Ernennung ab, um den Einfluss der Wittelsbacher auf das kirchliche Amt nicht zu stärken. 

Nach dem Tod seines Vaters trat Stephan gemeinsam mit seinen älteren Brüdern Otto III. und Ludwig III. die Mitregierung über Niederbayern an. In dieser Funktion wirkte er an der Leitung des Herzogtums und der Gestaltung seiner politischen Ausrichtung mit, wobei die Brüder ihre Aufgaben zunächst gemeinsam wahrnahmen. Als Otto III. zeitweise in Ungarn weilte, übernahm Stephan die Alleinverantwortung für die Regierung in Niederbayern und zeigte sich dabei als verlässlicher Vertreter der gemeinsamen Herrschaft. 

Stephan gehörte zu den Gegnern der Habsburger und unterstützte politische Allianzen, die den Einfluss dieser mächtigen Dynastie begrenzen sollten. Im Rahmen dieser Auseinandersetzungen war er in militärische Konflikte verwickelt und führte das niederbayerische Herzogtum durch herausfordernde Zeiten. Seine politischen Entscheidungen und sein Wirken innerhalb der Wittelsbacher Familie trugen dazu bei, die Stellung Niederbayerns innerhalb des Heiligen Römischen Reiches zu festigen.