1819 berief Kronprinz Ludwig von Bayern Cornelius für einen Auftrag nach München. Dort sollte er unter anderem die Glyptothek neu gestalten. Obwohl das Verhältnis zwischen Künstler und Regenten sehr schwierig war, wurde Cornelius 1825 mit der Leitung der dortigen Akademie der Bildenden Künste betraut und von dem nun bayerischen König Ludwig I. geadelt. Als Unterstützung für seine vielseitigen Aufgaben brachte Cornelius einen Teil seiner Düsseldorfer Schüler wie beispielsweise Hermann Anschütz, Wilhelm Kaulbach und Adam Eberle mit, denen sich später noch Moritz von Schwind anschloss. 1841 kam es zum Zerwürfnis mit dem König und Cornelius übersiedelte nach Berlin.