Johann von Moosburg, ein illegitimer Sohn Herzog Stephans III. von Bayern-Ingolstadt, repräsentiert eine kirchenpolitisch bedeutsame Figur des späten Mittelalters im Spannungsfeld zwischen dynastischen Interessen und kirchlicher Autonomie. Trotz seiner unehelichen Herkunft ermöglichte ihm der Einfluss seines Vaters eine steile Karriere innerhalb der kirchlichen Hierarchie, was bezeichnend für die damalige Praxis der Absicherung nachgeborener oder außerehelicher Söhne des Hochadels war.

Seine Laufbahn gipfelte in der Erhebung zum Bischof von Regensburg. Seine Amtszeit fiel in eine krisenhafte Periode der Kirche, die durch das Abendländische Schisma und innerdiözesane Spannungen geprägt war. In Regensburg sah sich Johann mit massiven finanziellen Problemen des Hochstifts und Konflikten mit dem Domkapitel sowie der aufstrebenden Reichsstadt konfrontiert. Er versuchte, durch eine enge Anlehnung an das bayerische Herzogshaus die Position des Bistums zu stabilisieren, was jedoch zu Vorwürfen der Parteilichkeit und zur Vernachlässigung geistlicher Pflichten führte.

Historisch bedeutsam bleibt Johann von Moosburg vor allem als Akteur einer Epoche, in der die Grenzen zwischen weltlicher Herrschaftssicherung und bischöflicher Verwaltung fließend waren. Sein Wirken illustriert die Bemühungen der Wittelsbacher, ihren Einfluss auf die strategisch wichtigen bayerischen Bistümer zu zementieren. Sein Tod markierte das Ende einer turbulenten Regierungsphase, die den Weg für die nachfolgenden Reformbestrebungen im Bistum Regensburg bereitete. In der Münchner Stadtgeschichte ist er als Bindeglied zur Ingolstädter Linie der Wittelsbacher und als Beispiel für die spätmittelalterliche Versorgungspolitik des Herrscherhauses von Interesse.