Joseph Clemens von Bayern entstammte der herzoglichen Linie des Hauses Wittelsbach als Sohn des Prinzen Alfons von Bayern und der Prinzessin Louise d’Orléans. Durch seine Mutter war er zudem eng mit dem französischen Adel und dem Hause Bourbon-Orléans verwandt. Sein Leben war geprägt von der Transition des Adels in die bürgerliche Gesellschaft des 20. Jahrhunderts.

Abseits seiner dynastischen Verpflichtungen widmete er sich intensiv der akademischen Laufbahn und der Kunstgeschichte. Er schloss sein Studium der Kunstgeschichte mit einer Promotion ab und erlangte Anerkennung als profilierter Kunsthistoriker. Sein besonderes Interesse galt dabei der Erforschung der bayerischen Kunstlandschaft sowie der Familiengeschichte der Wittelsbacher, über die er mehrere wissenschaftliche Beiträge verfasste.

Trotz der politischen Umbrüche in Deutschland blieb er seiner Heimat eng verbunden und wirkte als Bewahrer des kulturellen Erbes. In seinen späteren Lebensjahren engagierte er sich zudem im Malteserorden. Da er zeitlebens unverheiratet blieb und keine Nachkommen hinterließ, erlosch mit ihm dieser spezifische Zweig der agnatischen Linie des Prinzen Alfons. Sein Wirken wird vor allem mit der wissenschaftlichen Aufarbeitung der bayerischen Geschichte und seiner Rolle als Brückenbauer zwischen Tradition und moderner Wissenschaft assoziiert.