Johann von Pfalz-Gelnhausen steht am Anfang einer bedeutsamen, wenn auch zunächst bescheidenen Seitenlinie des Hauses Wittelsbach, die später als „Herzöge in Bayern“ Weltruhm erlangen sollte. Als jüngerer Sohn aus dem Zweig Pfalz-Zweibrücken-Birkenfeld schlug er eine Laufbahn ein, die für nachgeborene Prinzen seiner Zeit typisch war: Er suchte sein Glück und seine Anerkennung im Militärdienst. Er diente mit Auszeichnung in der pfälzischen Armee und stieg bis in hohe Ränge auf, wobei er sich besonders durch seine Tapferkeit und Loyalität auszeichnete.

Sein historisches Vermächtnis für die Stadtgeschichte Münchens und den bayerischen Stammbaum liegt in der Begründung der Linie Pfalz-Gelnhausen. In einer Ära, in der die Hauptlinien der Wittelsbacher oft um den Fortbestand kämpften, sicherte Johann durch seine Nachkommen das Überleben eines wichtigen dynastischen Zweiges. Obwohl er selbst nie die ganz große politische Bühne betrat, legte er durch seine standesgemäße Verbindung mit Esther Maria von Witzleben den Grundstein für eine Familie, die über Generationen hinweg eng mit dem bayerischen Herrscherhaus verbunden blieb.

Johann galt als ein Mann von Charakter und militärischem Sachverstand, der abseits der großen Residenzen ein eher zurückgezogenes, aber würdevolles Leben führte. In der Geschichtsschreibung wird er oft als der stille Ahne jener exzentrischen und kunstsinnigen Herzöge betrachtet, die im 19. Jahrhundert das gesellschaftliche Leben in München prägten. Ohne sein Wirken und den Fortbestand seiner Linie wäre die spätere Geschichte der „Herzöge in Bayern“, die uns Persönlichkeiten wie den „Zither-Maxl“ oder Kaiserin Elisabeth schenkte, nicht denkbar gewesen.