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Im Jahr 1255 fand die Bayerische Landesteilung statt, bei der das Herzogtum Bayern zwischen den Söhnen Herzog Ottos II., Ludwig II. und Heinrich XIII., aufgeteilt wurde. Ludwig II. erhielt das Herzogtum Oberbayern sowie die Pfalzgrafschaft, während Heinrich XIII. das Herzogtum Niederbayern zugesprochen wurde. Ludwig II. wählte München als seinen Amtssitz, wodurch die Stadt nicht mehr nur ein Handelsplatz, sondern auch eine politische Zentrale wurde. Heinrich XIII. hingegen etablierte Landshut als die Hauptstadt von Niederbayern. Diese Aufteilung war signifikant, da Reichsfürstentümer zu dieser Zeit eigentlich als unteilbar galten, aber die Brüder sich dennoch zur Teilung entschlossen. Die beiden Herzogtümer wurden später, im Jahr 1340, unter Ludwigs Sohn Ludwig IV., der sowohl Herzog von Oberbayern als auch römisch-deutscher Kaiser war, wieder vereinigt
1328 wurde München unter Kaiser Ludwig dem Bayern kaiserliche Residenzstadt und beherbergte bis 1350 die Reichskleinodien. Diese Phase bescherte der Stadt auch die Farben schwarz/gold (gelb), weil dies auch die Farben des Reiches waren. In dieser Zeit wurde die Stadt erheblich erweitert und mit einem zweiten Mauerring versehen
Für sein Engagement im Dreißigjährigen Krieg erhielt der bayerische Herzog die Kurfürstenwürde und München wurde zur kurfürstlichen Residenzstadt erhoben.