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Die Jesuiten errichteten an der Neuhauser Straße (heute Fußgängerzone) die Michaelskirche und die Alte Akademie.
Die Grundsteinlegung fand am 18. April 1583 statt, den Auftrag dazu hatte Herzog Wilhelm V. gegeben und sollte ein Bollwerk gegen den Protestantismus sein.
Sie war nicht nur größte Kirche im Stil der Renaissance nördlich der Alpen, sondern hatte nach dem St. Peter in Rom, das größte Tonnengewölbe der Welt und es wurde der Barock in Süddeutschland eingeführt.
Beim Einsturz des Tumes wurde auch der Chor beschädigt.
König Ludwig II. wurde nach einem Leichenzug durch München in der Gruft der Michaelskirche beigesetzt. Sein Herz wurde am 16. August in einer Urne in die Altöttinger Gnadenkapelle verbracht.