Magdalene von Bayern, als jüngstes Kind der herzoglichen Familie in München geboren, nahm in der dynastischen Politik des frühen 17. Jahrhunderts eine Schlüsselrolle ein. In einer Zeit, die von konfessionellen Spannungen geprägt war, diente sie ihrem Bruder, Herzog Maximilian I., als wichtiges Bindeglied zur Festigung des katholischen Glaubens im Reich. Obwohl sie zunächst eigene Neigungen für eine andere Verbindung hegte, fügte sie sich schließlich der Staatsräson und ging eine Ehe ein, die weitreichende politische Konsequenzen für den süddeutschen Raum hatte.

Ihre Vermählung mit Wolfgang Wilhelm von Neuburg wurde in München mit außergewöhnlichem Prunk gefeiert und markierte einen diplomatischen Triumph für das Haus Wittelsbach. Die Verbindung führte dazu, dass ihr Ehemann zum Katholizismus konvertierte, was die religiöse Landkarte in den rheinischen Territorien nachhaltig beeinflusste. Magdalene selbst galt als hochgebildet, klug und politisch scharfinnig, wobei Zeitgenossen oft ihre Ähnlichkeit mit ihrem Bruder Maximilian hervorhoben.

Trotz der arrangierten Natur ihrer Ehe führten die Eheleute eine harmonische Beziehung, in der Magdalene ihren Mann auch in schwierigen Zeiten, wie während der Erbstreitigkeiten in den Niederlanden, tatkräftig unterstützte. In der bayerischen Genealogie ist sie von besonderer Bedeutung, da über ihren Sohn die spätere Linie der pfälzischen Kurfürsten und schließlich die bayerischen Könige von ihr abstammen. In der Münchner Stadtgeschichte bleibt sie als eine Prinzessin in Erinnerung, die durch ihre Standhaftigkeit und ihr diplomatisches Geschick zum Fortbestand und zum Glanz der katholischen Vorherrschaft Bayerns beitrug. Ihr Leben spiegelt die Opferbereitschaft und den strategischen Weitblick wider, die das Haus Wittelsbach an der Schwelle zum Dreißigjährigen Krieg auszeichneten.